Identificación de nuevos genes deletereos implicados en familias con Sindrome de Lynch I y II sin alteración en los genes MLH1, MSH2, MSH6 y PMS2 (FCC-X MMR competentes). Partiendo de un estudio previo de secuenciación de exoma de dos/tres miembros de familias FCC-X, se priorizaron unos genes candidatos para cada familia. En este proyecto se completará el análisis de la secuenciación masiva del exoma identificando CNVs en genes relacionados con CRC. El estudio de expresión a nivel de mRNA y de proteína tanto de las variantes como de las CNVs nos indicara que genes son los adecuados para llevar a cabo un estudio funcional. La metodología del proyecto: para el análisis bioinformatico se utilizará el programa CoNIFER (Krumm et al 2012). El estudio de expresión a nivel de mRNA se hará por Q-PCR utilizando sondas TaqMan diseñadas por nosotros. El estudio de expresión de las proteínas se hará por Inmunohistoquímica usando anticuerpos comerciales. En los genes alterados se harán ensayos funcionales in vitro usando construcciones wild- type y mutadas que serán clonadas en vectores y transfectadas a células competentes con el fin de estudiar los pathways implicados en cada gen. Por último los genes seleccionados podrán ser estudiados en un número mayor de familias FCC-X procedentes de otros grupos españoles e internacionales que trabajan en este campo con el fin de establecer su frecuencia. La relevancia clinica: correlación del gen con las variables clínicas, de AP del tumor y el pronóstico del paciente.

exoma
variantes genéticas
variación en el número de copias
CNV
ensayos funcionales
genes de reparación de discordancias
MMR
familias con tumores MMR competentes FCC-X
secuenciación masiva
NGS
secuenciación masiva del exoma