El descubrimiento y validación de neoantígenos codificados por mutaciones específicas de tumores que pueden ser reconocidos por receptores de células T (TCR) específicos es fundamental para la búsqueda de nuevos enfoques inmunoterapéuticos. Los cánceres de mama y de páncreas se han considerado hasta ahora tumores inmunológicamente ""fríos"", pero datos recientes muestran el potencial de diseñar vacunas de neoantígenos personalizadas para estos cánceres. Actualmente, los neoantígenos se pueden identificar en muestras clínicas mediante el uso de secuenciación de nueva generación (NGS) y herramientas computacionales, pero existe una discrepancia entre la gran abundancia de neoantígenos identificados mediante el análisis computacional y la baja frecuencia de células T reactivas a neoantígenos in vivo. Nuestro objetivo principal es mejorar la identificación y priorización de neoantígenos como fuente de vacunas personalizadas, junto con la validación funcional de los neoantígenos auténticos mediante el análisis inmunogenómico del cáncer de mama y de páncreas, incluyendo el estudio de perfiles de NGS de células T individuales y análisis funcionales. Como objetivo secundario, se identificarán mutaciones y neoantígenos en el ADN plasmático libre de células de pacientes con cáncer de mama y páncreas metastásico. Nuestros algoritmos computacionales identificarán y puntuarán los neoantígenos mutados que están expresados. Luego, caracterizaremos fenotípicamente las células T reactivas específicas de tumor utilizando transcriptómica de células T individuales y el análisis del repertorio de TCR. Por último, nuestro objetivo es identificar los TCR específicos de neoantígeno utilizando ensayos funcionales basados en células T, como experimentos de clonaje de TCR y ELISpot.

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Acción Estratégica en Salud (AES)