El proyecto avanzará en dos ejes. En primer lugar, continuaremos con la aplicación de la genómica para optimizar la vigilancia de la transmisión de la tuberculosis (TB) iniciada en los proyectos previos. En segundo lugar, replicaremos una estrategia genómica equivalente para hacer frente a las demandas de vigilancia de la transmisión del SARS-CoV-2. La actividad en TB se desarrollará en Almería, población socioepidemiológicamente compleja, donde hemos pilotado estrategias de epidemiología genómica. Ahora, ampliaremos el análisis genómico a todos los casos incidentes de TB, para reforzar la vigilancia de los clusters de transmisión relevantes: i) clusters crípticos, sin vínculos epidemiológicos obvios, ii) clusters complejos, con elevada diversidad y iii) clusters de riesgo, debido a su rápido crecimiento o a la participación de cepas resistentes. Para aumentar la capacidad de discriminación en los clusters complejos, abordaremos secuenciación de lectura larga. Para acortar los tiempos de respuesta para facilitar la intervención, incluiremos sistemas de secuanciación flexibles, basados en nanoporos. Finalmente, acoplaremos el análisis genómico a una investigación epidemiológica refinada, apoyada en agentes comunitarios de salud. En el eje del proyecto dedicado a COVID-19, implementaremos el análisis genómico en dos escenarios: i) global, dirigido a la monitorización de las variantes circulantes de SARS-CoV-2 y ii) local, en el entorno nosocomial, que persiguirá el análisis genómico de brotes en tiempo real. Una vez identificadas las variantes en transmisión más activa en ambos entornos, adaptaremos RT-PCRs específicas para simplificar el seguimiento de su transmisión sin la necesidad de análisis genómico sistemático. Por último, se realizarán esfuerzos específicos para comprender la dinámica de la infección intrapaciente, tanto en TB (infecciones clonalmente complejas) como en COVID-19 (dinámica evolutiva intra-paciente en infecciones por SARS-CoV-2 persistentes).

tuberculosis
COVID-19
genómica
transmisión
comunitaria
nosocomial

Acción Estratégica en Salud (AES)