Avances en metagenómica clínica: capacidad predictiva del microbioma salival mediante machine learning para el diagnóstico de enfermedades orales y sistémicas

Resumen del proyecto

Este proyecto se adecua a la prioridad científico-técnica de la AES 2021-2023 titulada “Herramientas, tecnologías y soluciones digitales para la salud y cuidados, promocionando el desarrollo y uso de técnicas, tecnologías y herramientas innovadoras para mejorar la calidad de vida”, englobándose en la línea prioritaria: “Mejoras en los procesos de prevención, predicción, diagnóstico y seguimiento de enfermedades y monitorización de la respuesta terapéutica”. Se plantean la siguiente hipótesis y objetivos: Pretendemos demostrar la capacidad predictiva del microbioma salival para discriminar con elevada precisión diagnóstica la presencia de enfermedades orales (gingivitis, periodontitis y caries) y enfermedades sistémicas (cáncer oral y cáncer colorrectal). Para ello, partir de los datos obtenidos de secuenciación masiva del gen ARNr 16S sobre muestras salivales y aplicando técnicas de Machine Learning (ML) tradicionales y avanzadas, y de Deep Learning (DL), proponemos el desarrollo de modelos predictivos que permitirán clasificar las patologías orales o sistémicas de estudio y modelos que puedan clasificar al mismo tiempo más de una patología en una muestra. Se establecen cinco fases metodológicas: Obtención de muestras salivales en controles y pacientes; metabarcoding 16S de las muestras; análisis bioinformático de los datos metagenómicos; análisis bioestadístico de modelización predictiva diagnóstica (ML y DL) e interpretación biológica/clínica de los resultados obtenidos.

Palabras clave

gingivitis
periodontitis
caries
cáncer oral
cáncer colorrectal
microbioma
saliva
modelado predictivo
aprendizaje automático
aprendizaje profundo

Convocatoria

Acción Estratégica en Salud (AES)

Periodo de ejecución

01/01/2025 - 31/12/2027

Investigador Principal

INMACULADA TOMAS CARMONA

Centro beneficiario

FUNDACION PUBLICA GALEGA INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA DE SANTIAGO DE COMPOSTELA

Centro de realización

INSTITUTO DE INVESTIGACION SANITARIA DE SANTIAGO DE COMPOSTELA (IDIS)

Comunidad Autónoma

GALICIA

Provincia

CORUÑA, A

Financiación

61,300 €