La secuenciación masiva ha supuesto una revolución en el diagnóstico de enfermedades con base genética, pero tiene limitaciones que la reciente secuenciación de 4ª generación basada en lecturas largas (>5kb) puede resolver. En el campo de los trastornos de la hemostasia, enfermedades que requieren tratamientos crónicos, la secuenciación de lecturas cortas no identifica la alteración genética responsable en >25% de los casos con un fenotipo intermediario definido. Además, el diagnóstico y caracterización de variantes estructurales, están limitados con los métodos disponibles (MLPA, CGHa, SNPa, FISH). Finalmente, existen mecanismos como la inserción de retrotransposones que ninguno de los métodos indicados anteriormente identifica. Nuestro equipo multidisciplinar ha implementado la secuenciación por nanoporos aplicada al diagnóstico de trastornos de la hemostasia y hemos desarrollado un método que permite el análisis de retrotransposones SVA en el genoma humano. Para ambas aproximaciones, hemos desarrollado pipelines propias de análisis bioinformático. Además, hemos reclutado extensas cohortes de pacientes con trastornos raros de la hemostasia (deficiencia de antitrombina, FXI, o trombopatias congénitas), todos con detallado estudio clínico y de fenotipos intermediarios a los que realizamos un diagnóstico molecular convencional (secuenciación dirigida al gen o paneles de genes). En los casos con resultados negativos el diagnóstico molecular se implementará con la secuenciación del genoma completo en el eje IMPaCT, en el que participan 3 grupos de nuestro proyecto (2 ciencias de datos y 1 genómica). En este proyecto, se pretende evaluar la utilidad diagnóstica de la secuenciación de 4ª generación y el papel de retrotransposones, especialmente en los casos cuya base molecular no se conoce después de aplicar otras metodologías, con el objetivo de poder realizar un diagnóstico eficaz de estos trastornos que podría extrapolarse a cualquier enfermedad con base genética.

Secuenciación de tercera generación
nanoporos
retrotransposon
variantes estructurales
diagnostico molecular
desordenes de la hemostasia